Det var på onsdagen som Emmanuel Macron gav franska muslimska rådet (CFCM) ett 15-dagars ultimatum att acceptera en stadga om franska värderingar.
Kravet kommer efter den senaste tidens islamistiska terrordåd i Frankrike och Österrike.
I stadgan ska det stå att islam är en religion och inte en politisk rörelse, enligt BBC.
Dessutom finns där formuleringar om ett förbud mot all "utländsk inblandning" i muslimska grupper.
– Två principer kommer att skrivas in svart på vitt [i stadgan]: avvisandet av politisk islam samt all form av utländsk inblandning, säger en källa till den franska tidningen Le Parisien.
Presidenten och landets inrikesminister Gérald Darmanin träffade åtta CFCM-företrädare vid Élysée-palatset på onsdagen.
Där ska CFCM-ledarna ha gått med på att upprätta ett nationellt råd med uppgiften att ge imamer en officiell ackreditering och etisk kod. De som bryter mot den etiska koden kommer få sin imamlicens indragen.
Efter terrordåden har Emmanuel Macron och Österrikes förbundskansler Sebastian Kurz gått hårt åt "politisk islam". Andra europeiska ledare har varit relativt tysta. Sveriges statsminister Stefan Löfven (S) har tidigare sagt att han "aldrig" kommer kritisera islam.
