Myndighetens överinspektör, Anna Popova, säger enligt Reuters att McDonalds brutit mot flera föreskrifter som "väcker frågetecken kring produktkvalitet och hälsofaror förenade med kedjan i stort".
Bland annat ska förteckningar över kaloriinnehållet i rätterna varit för låga och missvisande. Dessutom uppger inspektionen att sallader och glassar med frusna bär innehållit otillåtna nivåer av koliforma bakterier.
En stämningsansökan har nu lämnats in till en domstol i Moskva av myndigheten med krav på att vissa av kedjans produkter ska dras in.