Paret skickade in ansökan om skilsmässa på onsdagen. De kommer att ha gemensam vårdnad om sitt barn, uppger stiftet, som inte vill ge någon ytterligare information om ärendet.
Eva Brunne valdes till biskop för Stockholms stift i maj 2009, vilket väckte viss uppmärksamhet på grund av att hon levde i "registrerat partnerskap" med den andra kvinnan, som är präst.
Som biskop har Brunne arbetat aktivt för att driva Svenska kyrkan i en mer vänsterradikal politisk riktning med fokus på kulturmarxistiska frågor.
