Utmanaren Magnus P Wåhlin blev slagen i omröstningen med bara en rösts marginal och partiet beskrivs nu som både splittrat och stukat.
Märta Stenevi blir kvar som språkrör och ska nu leda partiet tillsammans med Halldén.
– Vi har haft en fantastisk process och jag ser fram emot att leda partiet tillsammans med Märta, säger Daniel Helldén i en kommentar.
Det går dåligt för Miljöpartiet på flera sätt och partiet är nu i princip hänvisat till så kallade "taktikröster" om de inte ska åka ur riksdagen nästa val.
Partiet befinner sig en bra bit under riksdagsspärren och språkrören, med avgående Per Bolund i spetsen, har tillsammans med C-ledaren Muharrem Demirok konsekvent fått bottenplaceringar i förtroendemätningar hos svenska folket.