Det var strax efter klockan två i natt som polisen fick in ett larm om att det låg en medvetslös man i ett trapphus i Valsätra i södra Uppsala.
Polisen som skickades till platsen hittade en "pojke" född 1999, som uppgav att han blivit våldtagen av tre för honom okända män.
Pojken fördes till sjukhus för sina skador.
– Det kommer naturligtvis att ha stor betydelse vad den här pojken berättar senare under dagen. Det kan komma att ta tid eftersom han först måste ha adekvat vård, säger polisens presstalesperson Christer Nordström till P4 Uppland.
Polisen ska bland annat genomföra dörrknackningar i området.
Ingen är gripen för brottet.
Tidigare har liknande våldtäkter utförts av så kallade ensamkommande från Afghanistan.
I oktober förra året skedde en uppmärksammad gruppvåldtäkt i Gottsunda i Uppsala, då fem afghaner drog in en något yngre pojke i ett skogsparti och våldtog honom på ett sätt som beskrivits som sadistiskt.
En kartläggning som Aftonbladet gjort visar att femton ensamkommande från Afghanistan i fem olika rättsfall under drygt ett år har dömts för gruppvåldtäkter mot andra pojkar. Det ska handla om sexuella kulturella värderingar som de tar med sig från Afghanistan.
– Det är naivt att tro att pojkarna glömmer sina värderingar så fort de kommer hit. Vi måste våga prata om det, säger Mustafa Panshiri, svensk polis med rötter i Afghanistan, till tidningen.