Uttalandet kom under ett tal vid en mässa i Santa Cruz, Colombia, där påve Franciskus just nu befinner sig.
– Idag förfäras vi över att se hur många av våra bröder och systrar i Mellanöstern och på andra håll i världen förföljs, torteras och dödas för sin tro på Jesus, sade påven och fortsatte:
– Detta måste fördömas. I detta tredje världskrig, som utkämpas styckevis och som vi nu upplever, äger ett slags folkmord rum, och det måste få ett slut.
Påven passade även på att be de amerikanska ursprungsbefolkningarna om förlåtelse för historiska övergrepp mot dem som skett av den katolska kyrkan eller i kyrkans namn.
– Låt oss säga nej till kolonialism, gammal såväl som ny. Låt oss säga ja till möten mellan människor och kulturer, sade han och tillade:
– Vissa säger med rätta att; "när påven talar om kolonialism, så glömmer han bort vad kyrkan gjort". Med ånger säger jag till er; många allvarliga synder har begåtts mot Amerikas ursprungsfolk i guds namn.
Påven varnade även för en "hämningslös jakt på pengar" och att låta "kapitalet bli en avgud som styr folks beslut".
– När girigheten efter pengar styr över hela det socioekonomiska systemet, så förstör det samhället, det fördömer och förslavar män och kvinnor, sade han.