Zoran Milanovic kräver att vallagen i Bosnien och Hercegovina, som Nato-landet Kroatien anser diskriminerar etniska kroater, ska ändras.
Annars bör det kroatiska parlamentet vägra att godkänna Sverige och Finland som nya medlemmar i Nato, enligt presidenten.
Milanović beskriver vidare de två nordiska grannländernas anslutning till den USA-styrda militäralliansen som "ett mycket farligt äventyr".
Det var på måndagen som det rapporterades om att Finland och Sverige tillsammans kommer att ansöka om medlemskap i Nato i maj.
Enligt Zoran Milanovic är det upp till de två nordiska länderna att "säga åt amerikanerna att lösa" frågan om den bosniska vallagen.
– För mig är det ett viktigt nationellt intresse för den kroatiska staten, nationen och folket att Bosnien och Hercegovina är en fungerande stat, säger presidenten enligt Total Croatia News.
