Uppgifterna kommer efter att franska myndigheter använt polissamarbetet Europol för att begära hjälp från schweizisk polis att få tag i uppgifter från företaget.
Förfrågan ska ha berört ett konto som tillhör en klimataktivist som begått diverse brott i Frankrike.
Protonmails vd Andy Yen säger att alla företag som inte är baserade på internationellt vatten är så illa tvungna att följa myndighetsbeslut i sina respektive länder, och nu är det schweiziska myndigheter som ålagt honom att lämna ut uppgifterna.
I ett inlägg med titeln "Viktiga förtydliganden angående gripande av klimataktivisten" skriver han dock att han "delar oron" över åtalet.
Alplandets myndigheter begärde ut uppgifter 3.500 gånger under 2020, vilket är en rejäl ökning från bara 13 tillfällen 2017.
