En ny rapport från människorättsorganisationen innehåller vittnesmål om sekteristiska attacker som har utförts av en allt starka shiamilis i Bagdad, Samarra och Kirkuk, som hämndaktioner mot den väpnade gruppen Isis, Islamiska Statens härjningar.
Mängder av oidentifierade kroppar har upptäckts över hela landet. Kropparna har varit bakbundna med handfängsel och i de flesta fall skjutits i huvudet, vilket tyder på att det rör sig om rena avrättningar.
Vad som hänt med många av dem som förts bort av shiamilisen är fortfarande okänt. Vissa har dödats trots att familjerna har betalat ut lösensummorna på 80.000 dollar eller mer för att få dem frigivna.
Salem, en 40-årig affärsman och niobarnsfar från Bagdad fördes bort i juli i år. Två veckor efter att familjen betalat 60.000 dollar till kidnapparna hittades hans kropp på ett bårhus i Bagdad. Huvudet var krossat och hans händer var fastkedjade i handbojor.
Bland de shiitiska rebellgrupper som tros ligga bakom raden av kidnappningar och mord återfinns Asa'ib Ahl al-Haq, Badr-brigaderna, Mahdiarmén och Kata'ib Hizbollah. Dessa milisgrupper har blivit allt starkare och fått mer makt sedan den irakiska armén retirerade och lämnade närmare en tredjedel av landet i Isis våld.
De shiamuslimska milisgrupperna består av tiotusentals män. De bär militäruniformer men agerar helt utanför alla rättsliga ramar och utan de irakiska myndigheternas kontroll, enligt Amnesty International.
– Genom att inte hålla milismännen ansvariga för krigsförbrytelser och andra grova människorättsbrott har de irakiska myndigheterna gett dem fria tyglar att attackera sunnimuslimer. Den nye premiärministern Haider al-Abadis regering måste ingripa för att stoppa milisen och etablera en fungerande rättsstat, säger Amnesty Internationals talesperson Donatella Rovera.