Enligt byråns källor avfyrades missilerna antagligen av syriska rebeller.
Baalbek anses vara ett av fästena för den libanesiska sjiitiska rörelsen Hezbollah vars företrädare strider på regeringens sida i Syrien.
Under de senaste veckorna har rebellerna många gånger beskjutit området Ermel i Libanons nordöstra del men det här är första gången man beskjuter området Baalbek sedan konflikten började för två år sedan.
