Hans stab tänker inte kommentera flytten av den kanadensiske ledaren eller andra säkerhetsfrågor, skriver CBC. Enligt nyhetsjätten har Trudeau och hans familj emellertid evakuerats av säkerhetsskäl.
Trudeau ljög först och hävdade på Twitter att hans mystiska frånvaro i parlamentet berodde på att han "självisolerat sig i hemmet" efter att ha "exponerats" för covid-19, något som även CBC rapporterade på torsdagen, dock med viss skepsis markerad redan i rubriken.
På fredagen sade Trudeau att han var oroad över möjliga våldshandlingar under den demonstration mot vaccintvång som pågår i Ottawa.
Tidigare i veckan kallade han demonstranterna, som tog sig till huvudstaden i en gigantisk lastbilskaravan, för en "liten marginaliserad minoritet" som inte representerar det kanadensiska folket.
Den konservative oppositionsledaren Erin O'Toole motsätter sig tvångsvaccinering och har stöttat protesterna. Han träffade några av demonstranterna på fredagen, enligt Reuters.
Justin Trudeau höll ett kritiserat tal mot konvojen tidigare i veckan.
