I en intervju med den ryska nyhetsbyrån RIA säger al-Assad att Erdogan är "den huvudsakliga anstiftaren och initiativtagaren till den senaste konflikten i Nagorno-Karabakh mellan Azerbajdzjan och Armenien".
Den syriske presidenten säger också att han kan bekräfta att Turkiet har skickat jihadister för att slåss i området, något som Frankrike tidigare har anklagat turkarna för.
De nya stridigheterna mellan muslimska Azerbajdzjan och kristna Armenien är de blodigaste på över 25 år.
Ryssland vill se ett omedelbart stopp på kriget. Sergej Narysjkin, chef för Rysslands utrikes underrättelsetjänst SVR, varnar för att Nagorno-Karabakh kan bli en ny bas för muslimska terrorister som sedan kan ta sig vidare till Ryssland och andra länder.