Al Ahli-sjukhuset attackerades under tisdagskvällen.
Sjukhuset grundandes av Anglikanska kyrkan och får också bidrag från kristna i USA, rapporterar BBC News.
Richard Sewell, dekanus vid St George's College – en av den anglikanska kyrkans toppfigurer i Jerusalem – skriver på X att sjukhuset angreps med "en direkt träff från en israelisk missil".
Han uppger att tidiga rapporter tyder på att hundratals kvinnor och barn har dödats, och kallar dådet för "avsiktligt dödande av utsatta civila".
Även Läkare utan gränser har pekat ut Israel för att ligga bakom det hela.
Enligt palestinska myndigheter har minst 500 personer dödats i attacken.
I ett uttalande från Israels försvarsmakt IDF senare på kvällen hävdar man att analyser tyder på att det var en misslyckad raketavfyrning från gruppen Islamiska jihad som orsakade det hela.
Islamiska jihad nekar till detta, enligt BBC.
Den palestinska presidenten Mahmoud Abbas har förklarat tre dagars landssorg på grund av händelsen.
Artikeln har uppdaterats med Israels dementi.