Instagram-inlägget bestod av ett foto på snäckor som placerats i sanden i mönstret "86 47", rapporterar CNN.
Denna sifferkombination används som en uppmaning att "bli av med" den 47:e presidenten – Donald Trump. I amerikansk slang betyder ”86” ofta att man gör sig av med någon eller något.
”Bara James Comey som i förbifarten uppmanar till mord på min pappa. Det här är den typen som vänstermedia hyllar. Sinnessjukt!!!” skriver Donald Trump Jr. i ett inlägg på sociala medier.
Comey förnekar att han syftade på våld och hävdar att han inte kände till att siffrorna kunde tolkas som ett hot.
”Jag postade tidigare en bild på några snäckor jag såg på en promenad längs stranden, som jag antog var ett politiskt budskap. Jag visste inte att vissa kopplar de siffrorna till våld. Det föll mig aldrig in, men jag motsätter mig våld i alla former så jag tog bort inlägget”, skriver Comey i ett nytt inlägg.
Trots det har Homeland Security och Secret Service inlett en utredning.
"Den vanärade förre FBI-chefen James Comey uppmanade just till mord på @POTUSTrump", skriver inrikesminister Kristi Noem på X och tillägger att myndigheterna kommer agera.
En talesperson för Secret Service bekräftar att man känner till ärendet men vill inte kommentera utredningen närmare.
Även FBI:s nuvarande chef Kash Patel har engagerat sig i fallet och sagt att man kommer bistå Secret Service med resurser.
Den tidigare kongressledamoten och nuvarande underrättelsedirektören Tulsi Gabbard går ännu längre i en intervju på Fox News.
– Jag är mycket oroad för hans [Trumps] liv. Och James Comey borde enligt min mening spärras in för detta, säger Gabbard.
James Comey ledde FBI under utredningarna av både Hillary Clintons e-postserver och misstänkta ryska kontakter under Trumps första presidentkampanj. Han avskedades av Trump 2017 och har sedan dess varit en passionerad kritiker av den tidigare och nuvarande presidenten.