Enligt Aftonbladet bröt starka känslor ut bland personalen när UD på fredagsförmiddagen informerade om dödsfallet.
Många anställda uppges må "mycket dåligt".
– Pratade nyss med en som grät och sa "de tog livet av honom", säger en UD-källa till Aftonbladet.
Diplomaten, som befann sig i Sverige tillfälligt, greps i sitt hem i Stockholm i helgen misstänkt för spioneri – men släpptes kort därefter. Därefter återvände han aldrig hem.
Hans advokat Anton Strand har varit mycket kritisk till hur gripandet genomfördes. Själva det dramatiska gripandet tycks ha blivit ett trauma för diplomaten, som också ska ha ådragit sig fysiska skador vid razzian.
Källor inom UD vittnar om att många ifrågasätter både polisens agerande och den politiska ledningens frånvaro. Statsminister Ulf Kristersson och utrikesminister Maria Malmer Stenergard anses inte visa något ledarskap i krisen.
– Detta är UD:s värsta kris på decennier och vi har en statsminister och en utrikesminister som är helt frånvarande och oförmögna att leda i kris, säger en källa och beskriver hur arbetsmiljön på departementet nu präglas av "sorg, frustration och besvikelse".
Samtidigt växer trycket internt på att utredningen om vad som egentligen hänt måste fullföljas. Enligt UD-personal finns det en stark oro för att mannen kan ha varit oskyldig.
Utrikesministern har kommenterat dödsfallet mycket kortfattat och hänvisar till hänsyn till den avlidne.
