Den nya lagen, som trädde i kraft den 1 juli efter att ha drivits igenom med kraft av statsminister Ulf Kristersson, sänker åldersgränsen för juridiskt könsbyte från 18 till 16 år och tar bort kravet på diagnos om könsdysfori.
Men enligt Wennerström får läkaren inte längre göra någon medicinsk bedömning – intyget ska bara bekräfta vad patienten påstår.
"Intyget skulle därför lika gärna kunna utfärdas av vem som helst, eftersom vi bara ska ange det patienten säger. Vår signatur på intyget ska ge medicinsk fernissa, men den ekar ihåligt", skriver han.
Wennerström pekar på att unga människors hjärnor inte är färdigutvecklade förrän i 25-årsåldern och varnar för att vissa ungdomar kan drivas av vad han kallar en "kultursjukdom", snarare än av genuin könsdysfori. Han hänvisar också till fall där personer ångrat könskorrigerande behandling och fått irreversibla skador.
"Medicinsk vetenskap beskriver att det bara finns två biologiska kön, och att kön inte är något flytande", skriver han och fortsätter:
"Allt detta är enligt Socialstyrelsens kunskapsstöd helt ovidkommande när intyget ska utfärdas. Därför har jag sovit dåligt en tid. Jag tror fler med mig våndas, och eftersom Socialstyrelsen undviker att beröra det etiska dilemmat gör jag min vånda publik."
Wennerström anser att läkare nu förväntas följa två motstridiga regler – lagstiftningens krav på intyg utan diagnos, och Socialstyrelsens egna föreskrifter om att medicinska intyg ska utfärdas efter faktisk bedömning.
"Jag kommer att fortsätta att ha ambitionen att följa mina överordnade etiska principer, som att inte skada och att lita på mina medicinska bedömningar. Därför har jag landat i slutsatsen att jag inte kan utfärda intyget för individer i åldern 16–24 år", skriver han.