Navalnyj är ordförande för stiftelsen mot korruption, FBK, och det är i den organisationen som de misstänkta brotten ägt rum.
Enligt utredarna har han förskingrat pengar som donerats till FBK. Bland annat ska Navalnyj ha spenderat 356 miljoner rubel (motsvarande cirka 40 miljoner kronor) på personliga inköp och privata utlandsresor.
Själv befinner sig den 44-årige politikern i Tyskland där han återhämtar sig från en förgiftning som i västerländsk media skylls på Rysslands president Vladimir Putin.
Det är inte första gången antikorruptionsaktivisten hamnat i blåsväder för korruption. År 2013 dömdes Aleksej Navalnyj till fem års fängelse, men straffet omvandlades senare till villkorlig dom så att han slapp sitta i fängelse.
Han hade den gången förskingrat 16 miljoner rubel, motsvarande runt 3 miljoner kronor, från en timmerfirma i Kirov medan han agerade rådgivare åt regionens liberale guvernör år 2009.
Navalnyj, som är utbildad jurist, profilerade sig då som en etnisk nationalist och förespråkade att Ryssland skulle delas upp i en rad mindre nationalstater. Han har synts på demonstrationer tillsammans med nationalsocialistiska och våldsbenägna grupperingar, men har ändå fått ett kraftigt stöd från det västerländska etablissemanget.