Wagnerledarens privatjet var på väg mot S:t Petersburg den 23 augusti när det exploderade i luften.
Efter olyckan väcktes misstankar om att Kreml varit inblandat och var ute efter hämnd då Prigozjins styrkor två månader tidigare gjort uppror och rullat mot Moskva.
Vid sitt långa anförande i Sotji i torsdags antydde president Putin att explosionen ombord planet hade orsakats av Prigozjin och de andra ombord som varit narkotikapåverkade och lekt med handgranater.
Putin beklagade samtidigt att det inte gjorts några medicinska analyser på kropparna.
Putins teori har upprört ryska krigsbloggare och släktingar till Wagnersoldater. I sociala medier skrivs det bland annat att Putin är en förrädare, enligt SVT.