Tidningen har talat med personal från museet som uppger att guldet gömdes, men att ryssarna på något sätt hittade det ändå.
– Orcherna har tagit vårt skytiska guld, säger stadens borgmästare.
Det mer än 2.300 år gamla guldet var museets mest värdefulla samling och härrörde från skyterna, ett nomadfolk som levde under järnåldern på Asiens och Europas stäpper.
Enligt museichefen Leila Ibrahimova gömdes guldet i en mörk källare av rädsla för plundrare.
– Vi visste att när som helst kunde någon komma in i museet med ett vapen. Samlingen är ovärderlig, säger hon till New York Times.
En man i vitt labbrock och en grupp ryska soldater ska enligt Ibrahimova ha gått hem till museets kvinnliga vaktmästare och beordrat henne under vapenhot att plocka fram guldet. Något hon dock vägrade göra.
Till slut hittade ryssarna gömman ändå, och guldet försvann, enligt Ibrahimova. Ryssarna uppges nu ha tillsatt ukrainaren Evgeny Gorlachev som ny museichef av ryska armén och enligt henne är det han som hjälpt ryssarna att hitta guldet.
