"Det islamofobiska dåd som begicks av en högerextremist i Sverige fördöms kraftigt av den svenska regeringen. Denna handling återspeglar inte på något sätt den svenska regeringens åsikter", skriver ambassaden.
Statsminister Ulf Kristersson (M) och andra ministrar har tidigare bett om ursäkt för Paludans "islamofobiska" aktion utanför den turkiska ambassaden i Stockholm.
Regeringen har, bland annat av Sverigedemokraterna, anklagats för att lisma för Erdogan och muslimer snarare än att försvara den svenska yttrandefriheten.
