Beslutet har tagits efter att det rapporterats om antisemitiska incidenter i samband med demonstrationer för Palestina förra månaden.
Hamas styr i Gazaremsan, som utsattes för kraftiga bombatatcker under den senaste våldsamma konflikten. Förslaget på att förbjuda organisationens flagga lades fram av kansler Angela Merkels kristdemokratiska parti CDU.
– Vi vill inte att terroristorganisationers flaggor ska vajas på tysk mark, säger Thorsten Frei, talesman för partiet.
Frei uppger sig vara "mycket nöjd" med att socialdemokratiska SPD ställer sig bakom förbudet.
– Genom att göra detta kan vi skicka en tydlig signal till våra judiska medborgare, säger han enligt Welt am Sonntag.
Det tyska inrikesministeriet meddelade i april förra året att man skulle förbjuda libanesiska Hizbollah och klassa gruppen som en terroristorganisation. Detta gjorde det olagligt att visa offentligt stöd för Hizbollah, exempelvis genom att vifta med gruppens flagga.
