Förbudet infördes i mitten av juli av Tysklands vänsterextrema inrikesminister Nancy Faeser, som då beskrev tidskriften som ett "centralt språkrör för den högerextrema miljön".
Över 200 poliser genomförde då en gryningsräd mot utgivaren Jürgen Elsässers hem, liksom hemma hos andra anställda och finansiärer.
Compacts webbplats och sociala medier plockades samtidigt ner från internet – inklusive tidningens Youtubekanal med 300.000 prenumeranter.
Tidskriften överklagade förbudet och domstolen har nu beslutat att det ska hävas medan fallet utreds, vilket kan ta flera månader.
Domstolen konstaterar i sitt beslut att tidskriften visserligen har en "aggressiv och militant hållning" gentemot vissa aspekter av den USA-påtvingade tyska grundlagen, men att det är oklart om förbudet är proportionerligt.
