Energiminister Panagiotis Lafazanis, en av dem som röstade nej, blir ersatt av arbetsminister Panos Skourletis, som i sin tur ersätts av Giorgos Katrougalos.
Biträdande finansminister Nadia Valavani avgick självmant tidigare i veckan. Hennes position övertas av Tryfon Alexiadis, ordförande för Grekiska skatteindrivares fackförbund.
Kostas Isychos, som var vice försvarsminister, avgick inte efter att ha röstat nej men ersätts nu av Dimitris Vitsas.
Sammanlagt 38 av Syrizas ledamöter trotsade partiledningen och röstade nej till den nya överenskommelsen med EU-länderna.
