Det handlar om homosexuella män med skiftande partners, personer som haft nära fysisk kontakt med smittade och labbpersonal som haft oskyddad kontakt med prover ska också vaccineras.
Vaccinet ska ges i två doser med 28 dagar mellan tillfällena.
Det vaccin som kommer att användas heter Imvanex och är godkänt av EU, rapporterar ZDF.
I Tyskland har hittills 131 fall av apkoppor rapporterats.
