Premiärministern Joseph Muscat är ännu kvar, men den tidigare energiministern Konrad Mizzi, finansministern Chris Cardona och stabschefen Keith Schembri har meddelat sin avgång.
Trion har på olika sätt kopplingar till den korruptionsskandal som Caruana Galizia höll på att gräva i när hon mördades, och som senare avslöjades av internationella medier.
Vid avslöjandet kom det fram att Yorgen Fenech, som misstänks ha anstiftat mordet, styrde ett offshorebolag vid namn 17 Black, som var ett av två inkomstkällor för två Panama-registrerade bolag som Konrad Mizzi och Keith Schembri stod som ägare för.
Fenechs energijätte Electrogas hade i samband med överföringarna fått en mycket lukrativ uppgörelse med regeringen om Maltas elförsörjning, och hela affären beskrevs av Daphne Caruana Galizia som en enda stor korruptionsskandal, även om hon vid sin död inte hade lyckats identifiera huvudmannen Fenech som ägare av 17 Black.
Polisen slog under tisdagen till mot Schembris lyxvilla i Mellieha på norra Malta, där de genomförde en husrannsakan och plockade in stabschefen för förhör. Enligt uppgift till Malta Today ska Schembri ha haft kontakt med Yorgen Fenech strax innan oligarken bestämde sig för att försöka fly Malta i sin lyxjakt i fredags.
På tisdagen, efter att det blivit känt att Yorgen Fenech lämnat in en nådeansökan till premiärministern, utbröt stora demonstrationer i huvudstaden Valletta där folkmassor kallade premiärministern och den avgående trion för mördare och krävde att de skulle fängslas. Samtidigt som ministrarna meddelade sin avgång utbröt, ironiskt nog, ett landsomfattande strömavbrott på Malta, som till stor del försörjs med el av Electrogas anläggning.
"Meltdown: A nationwide power outage. And the nation’s powers’ outage" blev rubriken till journalisten Matthew Vellas rapportering av händelserna i Malta Today tidigt på onsdagsmorgonen.