Bilen närmade sig Merkels bil under en färd från flygplatsen i Zlicin, men attacken avvärjdes av polisen som riktade maskingevär mot mannen bakom ratten.
Den tjeckiska polismyndighetens talesperson Josef Bocan uppger att gärningsmannen har gripits.
– Han misstänks för att ha försökt begå ett brott, närmare bestämt ett försök att begå våldshandlingar mot en offentlig person, säger han.
På bilder från attacken som Blesk publicerat syns en medelålders vit man som gripits av polisen.
Enligt den brittiska tabloiden Express källor rör det sig om ett mordförsök. Dessa uppgifter bekräftas inte av polisens uttalanden till tjeckiska medier.
Pragbaserade Idnes skriver att polisen bland annat hittat en teleskopbatong och handbojor i mannens bil. Det finns inga uppgifter om någon annan beväpning.
