Tillstånden gäller Fyrskeppet i södra Bottenhavet och den flytande vindkraftsparken Vidar i norra Skagerrak.
Enligt regeringen kan anläggningarna tillsammans leverera upp till 19 terawattimmar el om året, rapporterar SVT Nyheter.
Även en landbaserad vindkraftspark i Markbygden utanför Piteå får byggas. Däremot avslås elva ansökningar i Bottenviken, Bottenhavet och Västerhavet, eftersom projekten enligt regeringen skulle påverka Sveriges försvarsförmåga på ett oacceptabelt sätt.
Trots tillstånden är det osäkert om de båda havsprojekten blir verklighet. Vattenfall, som äger majoriteten av projektet Vidar, skriver att "i dagsläget saknas dock förutsättningar för investeringar i havsbaserad vindkraft i Sverige".
Skyborn Renewables, som äger projektet Fyrskeppet, vill se statlig riskdelning, förmånliga lån, garanterade priser eller någon liknande lösning.
Miljö- och klimatminister Romina Pourmokhtari håller inte med bolagen.
– Att man skickar in en ansökan om att bygga menar jag visar på att det finns en ekonomisk potential som inte bygger på skattemedel rakt ut, säger hon till SVT.
Enligt Pourmokhtari får kärnkraften en annan typ av statligt stöd eftersom den, till skillnad från vindkraften, är planerbar.
Regeringen vill samtidigt införa ett auktionssystem för havsbaserad vindkraft. Enligt förslaget skulle staten först peka ut lämpliga havsområden efter att bland annat försvarets, sjöfartens, fiskets och miljöns intressen vägts samman. Bolagen skulle därefter få konkurrera om rätten att bygga där.





