Den 8 januari hittades en pojke svårt skadad i en lägenhet i Rosenlund i Södertälje. Pojken dog till följd av skadorna och pojkens far greps misstänkt för mordet.
Enligt åtalet dödade 46-åringen sin son genom att strypa honom till döds med sina armar.
Mannen har genomgått en rättspsykiatrisk undersökning och bedöms lida av en allvarlig psykisk störning.
Den tilltalade har i förhör erkänt gärningen och förundersökningen har gett en tydlig bild av händelseförloppet, enligt åklagaren.
– Det rör sig om en oerhört tragisk händelse där ett barn mist livet. Utifrån det som framkommit under förundersökningen så gick det inte att förutse att något sådant skulle kunna ske, säger Kammaråklagare Anna Lapinska.