De två afghanerna greps under onsdagen när de anlände med ett evakueringsflyg från Afghanistan till Arlanda.
De har anhållits för att ha brutit mot återreseförbudet.
– Jag tror att alla som sett bilderna från Kabul och flygplatsen inser att situationen inte är helt enkel när det gäller att bedriva gränskontroll där, säger Carina Skagerlind, presstalesperson för polisen i region Stockholm till TV4 Nyheterna.
De kriminella afghanerna kommer nu av allt att döma få stanna i Sverige, eftersom afghaner inte längre utvisas.
Utrikesminister Ann Linde meddelade i morse att Sverige då hade evakuerat över 900 personer från Kabul.