Olyckan har blivit känd inte bara för det stora antalet dödsoffer utan också för myndigheternas till synes märkliga hantering av haveriet, då myndigheterna visat sig ha mörklagt såväl flera militära transporter ombord som ett stort hål på styrbordssidan, som senare avslöjats av journalister.
En anhörigförening för offren från M/S Estonias förlisning nekades senast 2018 att få ta del av uppgiften om huruvida den militära underrättelse- och säkerhetstjänsten MUST hade några handlingar om M/S Estonia. Föreningen överklagade till domstol.
Föreningen förlorade, men av Försvarsmaktens svar till domstolen framgick det indirekt att politisk dynamit låg begravd i MUST:s arkiv om Estonia.
Enligt Försvarsmakten var frågan nämligen så "känslig" att myndigheten inte ens kan kommentera huruvida några handlingar om Estonia existerar i MUST:s arkiv.
Hemligheten omfattar även diarier över allmänna handlingar, vilket gör det omöjligt att verifiera om några dokument om Estonia ens finns.
Sekretessen som åberopas hänvisar till skyddet av "rikets försvar och totalförsvarets verksamhet". Informationen skulle kunna "skada landets säkerhet" om den blev offentlig, enligt Försvarsmakten.
En ganska ovanlig omständighet för en civil färjekatastrof.
Anhörigföreningen överklagade till Kammarrätten i Stockholm som dock delade Försvarsmaktens bedömning och fastställde att sekretessen gäller även i detta fall.
Det innebär att uppgifter om eventuella militära handlingar kring Estoniakatastrofen förblir hemligstämplade i 70 års tid från katastrofen 1994. I praktiken gallras handlingar oftast tidigare än så, vilket innebär att sanningen, om Försvarsmakten får välja, aldrig kommer att komma fram.
