Enligt EJA:s ordförande, rabbi Menachem Margolin, utgör AfD:s framgångar "ett hot mot europeiska judiska församlingar, religionsfriheten och den sociala freden".
Han drar också paralleller till 1930-talet, rapporterar Frankfurter Allgemeine.
– Att ett sådant parti växer påminner om den mörka tid då det nationalsocialistiska partiet på 1930-talet växte. Det ger judar i Europa, och i synnerhet i Tyskland, en kall rysning längs ryggraden, säger Margolin.
Som bevis på partiets påstådda antisemitism tar rabbinen att AfD vill förbjuda omskärelse av små pojkar och slakt utan bedövning.
I ett brev till Angela Merkel vädjar EJA till Merkel om att hon ska förbjuda partiet för att undvika en "antisemitisk regering" i framtiden.
– Det av största vikt att den tyska regeringen förkunnar att antisemitiska partier ska vara olagliga. Då kan man förhindra en katastrof, säger Menachem Margolin.
AfD, som kritiserar eurosamarbetet och invandringen från tredje världen, grundades så sent som 2013, men partiet har redan vuxit sig till ett av Tysklands största. I flera delstatsval har AfD vunnit upp till 20 procent av rösterna.
EJA, med säte i Bryssel, beskriver sig som den största judiska paraplyorganisationen i Europa.
