De talibaner som under måndagen erövrade staden drevs natten till torsdagen ut ur staden igen, rapporterar AP.
Enligt ett uttalande på Twitter från den afghanska regeringstalesmannen Sediq Sediqqi har omkring 200 talibaner dödats i striderna. Hur många afghanska soldater som omkommit vid stridigheterna är däremot något han inte nämner.
Striden om staden fortsatte in under torsdagen och talibanerna förnekade att de förlorat kontrollen över den.
– Talibanflaggan vajar fortfarande över staden, sade talibantalesmannen Zabihullah Mujahid.
Flera vittnen uppgav under torsdagen att hårda strider rasade i staden, som har 300.000 invånare. Den afghanska militären har fått flygunderstöd från USA i kampen för att återerövra Kunduz, men uppger att det kommer ta dagar innan man helt säkrat kontrollen över staden.