Både Sverigedemokraterna och Vänsterpartiet röstade som väntat nej, medan M och KD lade ned sina röster.
De ändrade reglerna för EU:s egna medel, där den nya EU-fonden på 750 miljarder euro ingår, ska gälla från den 1 januari 2021.
Alla EU:s medlemsländer måste godkänna ministerrådets beslut för att det ska börja gälla.
