Paret blev olagligt dömda till 100 piskrapp av en domstol i staden Cheghcheran i Ghor. Den 30 augusti verkställde en av domarna straffet offentligt med bland annat både polis och andra tjänstemän närvarande.
Händelsen har dock blivit känd för allmänheten först efter att den sänts på afghansk TV.
Amnesty International kallar straffet ett "vidrigt övergrepp" och uppmanar afghanska myndigheter att straffa de skyldiga.
– Afghanska myndigheter måste genast starta en utredning av det här fallet och se till att de ansvariga ställs till svars. Uppgifter om att det här fruktansvärda straffet på 100 piskrapp avkunnats av en domstol som är en del av Afghanistans rättssystem är mycket oroande, säger Horia Mosadiq, som är Amnesty International Afghanistanexpert.
Talibanerna och andra väpnade grupper utför också ofta kroppsbestraffningar offentligt, dessutom även offentliga avrättningar.
– Det här är långt ifrån ett enstaka exempel på ett grymt och olagligt straff som utdöms och verkställs i Afghanistan, i det informella rättssystemet, som fortfarande finns på många platser i landet, sker detta kontinuerligt, säger Horia Mosadiq.