Enligt utredningen ska Aquarius ha dumpat 24 ton problemavfall i sammanlagt elva olika hamnar i Italien i samband med sina så kallade räddningsaktioner på Medelhavet under 2017 och 2018.
Det rör sig bland annat om medicinsk avfall och "förorenade kläder" som anmäldes som vanligt avfall.
Läkare utan gränser och SOS Mediterranee – de två organisationer som låg bakom den omfattande människosmugglingen – har samtidigt fått sina bankkonton spärrade av italienska myndigheter, enligt Yle.
Åklagare i staden Catania på Sicilien har nu beordrat att Aquarius ska beslagtas.
Läkare utan gränser försäkrar dock i ett uttalande att all deras verksamhet i hamnar, inklusive avfallshanteringen, har skötts "helt enligt rådande standarder". Organisationen anser sig vara utsatt för "en flerårig smutskastningskampanj"
– Det enda brottet som vi ser på Medelhavet i dag är den totala nedmonteringen av räddningssystemet, säger organisationens Italienchef, Gabriele Eminente, enligt Yle.
Sedan 2015 har Läkare utan gränser haft fem olika fartyg på Medelhavet, och har hjälpt över 80.000 illegala invandrare från tredje världen att ta sig till Europa.
