Det var under ett möte i Vita huset i onsdags som en konflikt mellan Bongino och Bondi kulminerade. På plats fanns förutom Bongino och Bondi även FBI-chefen Kash Patel och Trumps stabschef Susie Wiles.
Under mötet pressades FBI:s vicechef Dan Bongino om en artikel i NewsNation som hävdade att FBI ville offentliggöra mer material men hindrades av justitiedepartementet. Frågan som lyftes var om Bongino eller Patel läckt informationen till NewsNation.
Bongino förnekade att han läckt informationen men vägrade samtidigt skriva under ett uttalande som försvarade justitiedepartementets påståenden om att kundlistan "aldrig funnits" och att allt var ett "självmord", enligt CNN:s källor.
Dan Bongino uppges nu överväga att lämna sin post, rapporterar NBC News i sin sena sändning tidigt på lördagen svensk tid.
På fredagen dök Bongino inte upp på jobbet vilket ytterligare spädde på rykten om att han redan sagt upp sig. Enligt en källa hade han dock formellt inte lämnat sin tjänst vid arbetsdagens slut.
– Allt det här har varit ett enda stort kaos och ingen är nöjd, säger en källa till CNN.
Vid ett kabinettmöte i veckan där översvämningarna i Texas stod i fokus fick Donald Trump frågor om varför regeringen plötsligt vill mörka Epstein-dokumenten. Svaret blev dock kort.
– Det där är en distraktion från verkliga problem, sa han irriterat.
Vita husets talesperson Harrison Fields avfärdar uppgifterna om splittring med FBI.
– Alla försök att måla upp en bild av ett splittrat team är helt grundlösa. De skymmer sikten för de verkliga framstegen vi gör när det gäller att återställa allmänhetens säkerhet och garantera rättvisa för alla, säger han till Newsweek.
Pam Bondi har tidigare hävdat att en lista över Epsteins klienter existerar och varit tydlig med att en granskning av den pågick. Men i hennes departements slutliga promemoria om saken, som publicerades tidigare i veckan, påstås det tvärtom att Epstein "dog av självmord" i sin cell 2019 och att inga kundlistor påträffats under utredningen.
Bondi har fått kritik från Trumps kärnväljare, särskilt efter ett medieevent i Vita huset där hon visade pärmar med Epstein-dokument – som senare visade sig vara gammalt material som redan var känt för allmänheten.
Enligt CNN:s källor var Bongino först entusiastisk över ett 10 timmar långt övervakningsklipp från fängelset där Epstein dog. Han trodde att det bevisade att Epstein inte mördades.
Men när klippet offentliggjordes upptäckte allmänheten att en minut saknades. Bondi förklarade att fängelsets gamla system alltid "hoppar över" samma minut vid midnatt. Men det var inte exakt en minut som saknades utan en minut och två sekunder, varför nya teorier exploderade på nätet – och internt fick Bongino skulden för det dåliga genomslaget.