– De måste ut! Jag vill inte försämra relationen med USA men de måste lämna, sade Duterte vid ett pressmöte i går kväll enligt Sveriges Radio.
Så sent som i förra veckan hamnade den filippinske presidenten i en kontrovers efter att han använt sig av ordet "horunge" när han pratade om USA:s president Barack Obama.
USA har sedan 2002 en specialstyrka på 200 soldater på Filippinernas södra ö Mindanao för att bekämpa islamistiska terrorister.
Under pressträffen visade presidenten upp foton som visade hur USA dödade muslimer under koloniseringen i början av 1900-talet.
– Titta här. Så länge vi agerar ihop med USA kommer vi aldrig att få fred i området, sade han.
USA:s utrikesdepartement uppger dock att de inte mottagit någon offentlig uppmaning att lämna Mindanao.