De största problemen finns inom primärvård, mödrahälsovård, förlossningsvård, barnhälsovård, barnpsykiatri, infektionsvård och tandvård.
– Det är områden där situationen redan innan var ansträngd, bland annat på grund av personalbrist, säger Socialstyrelsens utredare Viktoria Svensson i ett pressmeddelande.
Konsekvenserna av det ökade trycket på hälso- och sjukvården har inneburit begränsad tillgänglighet, längre väntetider för planerad vård samt omprioriteringar av hälsofrämjande och sjukdomsförebyggande insatser.
"Även tandvården har påverkats då asylsökande och nyanlända har ett större vårdbehov än befolkningen i övrigt", skriver Socialstyrelsen.
Förutom att ha ett "större vårdbehov" har invandrarna även en tendens att gå direkt till akutmottagningen snarare än att uppsöka planerad vård.
Socialstyrelsen bedömer att det minskade inflödet av nya asylsökande under 2016 inte kommer att innebära några omedelbara lättnader för hälso- och sjukvården och tandvården, "då flertalet av de beskrivna utmaningarna kvarstår".