Det sargade liket efter 17-årige Mohammad Abu Khedair påträffades i skogen någon timme efter att polisen larmats om att han tvingats in i en bil i det palestinska kvarteret Beit Hanina i Jerusalem.
Uppgifterna utlöste sammandrabbningar mellan israeliska säkerhetsstyrkor och palestinier, som bland annat gick till attack med stenar, och stämningen beskrivs som laddad. Enligt uppgifter från palestinska Röda korset ska ett 50-tal palestinier ha skadats i tumultet.
– Vi håller den israeliska polisen ansvarig för kidnappningen och mordet, säger den dödes kusin Majdi Abu Khedair till palestinsk media, enligt CNN.
Mordet skedde bara dagar efter att tre israeliska tonåringar hittades döda på Västbanken. Ett par veckor tidigare hade de blivit kidnappade när de var på väg hem från sin religionsundervisning, och den israeliska regeringen skyller dådet på palestinska terrorister.