Fidan sade inför parlamentet att åtgärden är en del av en rad protester mot Israels kritiserade krigföring i Gaza, som enligt Turkiets regering, och i synnerhet president Recep Tayyip Erdoğan, utgör ett regelrätt folkmord.
Israels premiärminister Benjamin Netanyahu, som är internationellt efterlyst för brott mot mänskligheten, har å sin sida hämnats genom att erkänna det armeniska folkmordet 1915, som begicks av förfäder till dagens turkar.
Samtidigt var beskedet otydligt. Turkiet har redan tidigare i år deklarerat ett handelsstopp och luftrumsfrågan kan röra sig mer om en bekräftelse på gällande begränsningar än om en ny policy.
Från israeliskt håll uppger flygbolag och myndigheter att de ännu inte fått någon officiell notis.
Israir, som på fredagen flög till Batumi i Georgien via turkiskt luftrum, sade att verksamheten fortsätter som vanligt.
– Våra flyg går enligt plan utan förändringar, uppgav bolaget och tillade att man följer situationen i kontakt med den civila luftfartsmyndigheten.
I sitt anförande anklagade Fidan Israel för att medvetet göra Gaza obeboeligt – för att tvinga dess invånare att lämna. Han hävdade också att Israel motarbetar uppkomsten av ett nytt och starkt Syrien.
– Turkiet kommer inte att låta en sådan politik fortgå, sade han.
Beskedet kom bara dagar efter att Israels premiärminister Benjamin Netanyahu i en intervju med den amerikanske kommentatorn Patrick Bet-David för första gången öppet erkänt det så kallade armeniska folkmordet, en känslig fråga i Turkiet.
– Jag gjorde det just nu. Varsågod, sade Netanyahu när han pressades på frågan varför Israel inte tidigare gjort ett erkännande.
Turkiets utrikesdepartement svarade med skarp kritik och anklagade Netanyahu för att vilja utnyttja historiska tragedier i politiskt syfte.
I ett skriftligt uttalande heter det: ”Netanyahu står just nu inför rätta för sin roll i det folkmord som begåtts mot det palestinska folket. Han försöker dölja de brott som han själv och hans regering har begått. Vi fördömer och avvisar dessa påståenden som strider mot historiska och juridiska fakta.”
Relationerna mellan Israel och Turkiet har länge pendlat mellan samarbete och konflikt. Innan kriget bröt ut förbättrades kontakterna och Netanyahu träffade president Recep Tayyip Erdogan.
Sedan dess har banden snabbt försämrats. Erdogan har tagit emot Hamasledare i Ankara, jämfört Netanyahu med Hitler och båda länderna har kallat hem sina ambassadörer.
