Det handlar om pickupbilar och terrängfordon som syns på flygbilder som ryska försvarsdepartementet har släppt på Youtube under den gångna veckan.
Den japanska koncernen svarar att det inte har en aning om hur terroristerna får tag på deras bilar och uppger att man inte säljer sina fordon till köpare som använder dem för militära ändamål eller terrorism.
Toyota levererar inga inga bilar till Syrien sedan 2012.
Toyota Hilux, Toyota Tacoma och Toyota Land Cruiser är de populäraste bilmodellerna i IS, skriver ryska Sputnik. Terrorister utrustar bilarna med vapen, till och med kanoner och granatkastare, samt använder dem för att transportera soldater, enligt nyhetssidan.