Bakgrunden till domen är uttalanden som Herbert Reul gjort i samband med att poliser i den tyska delstaten utretts för misstänkta "högerextrema tendenser".
En av de anklagade poliserna uppges ha kallats till ett internt "samtal" efter att det framkommit att han hade läst Junge Freiheit, rapporterar tidningen.
Reul har själv uppgett att han tog fallet med den JF-läsande polisen som utgångspunkt för att genomföra en senare jakt på "högerextrema poliser". Han konstaterade bland annat att det visserligen inte är "förbjudet" att läsa JF, men att det inte "är normalt".
Förvaltningsdomstolen i Düsseldorf slår i sin dom fast att inrikesministerns utspel om JF inkräktar på den grundlagsskyddade pressfriheten och har varit ägnat att avskräcka potentiella läsare av högertidningen.
"I synnerhet polisanställda, som vill undvika misstankar om högerextrema attityder och att övervakas av extremismbekämpande tjänstemän, måste i slutändan helt enkelt avstå från läsningen", skriver domaren.
Inrikesminister Reul ska enligt domen böta 10.000 euro om han återigen kommer med liknande utspel om JF.
Han ska också informera de extremistbekämpande tjänstemännen i Nordrhein-Westfalen om att han tar tillbaka sina uttalanden om högertidningen.
Delstaten får stå för 90 procent av rättegångskostnaderna.
