Söder säger i en intervju med Spiegel att den federala regeringen borde utarbeta en plan för att repatriera "flera hundra tusen" asylsökare inom de närmsta tre åren.
Han hänvisar bland annat till att en stor del av de så kallade flyktingarna kommer från länder som Irak och Afghanistan, där det inte ens råder krig.
– Och även i Syrien kommer inbördeskriget förr eller senare att ta slut. Asyllagen föreskriver att människor ska återvända till sina hemländer när de inte längre har kan klassas som flyktingar, säger Markus Söder till Spiegel.
Han tillägger att det inte ens med de bästa avsikter går att "integrera" så många invandrare från "främmande kulturer" som Tyskland tagit emot.
– Tyskarna vill inte ha ett mångkulturellt samhälle, säger Söder till Spiegel.
Bayern har varit särskilt hårt ansatt av asylinvandringen från tredje världen, vilket har skapat misstämning mellan det mer invandringskritiska CSU och systerpartiet CDU, som styr i den federala regeringen.