Beslutet togs av domkapitlet i Uppsala stift vid sammanträdet i onsdags. Den 29-årige prästen hade då redan frivilligt avsagt sig vigningstjänsten som präst.
– Det hela är tragiskt från början till slut. Men med tanke på det ansvar en präst har finns inget annat möjligt slut efter det som har hänt, säger biskop Ragnar Persenius i ett pressmeddelande.
Övergreppen började i samband med att pojken sov över hemma hos prästen och hans pojkvän. Prästen föreslog då att han och pojken skulle ha en "kukmätartävling" varefter han uppges ha haft sex med 14-åringen mot dennes vilja. Sedan följde enligt domen en rad övergrepp som bland annat ägde rum i den skola som pojken går på, i ett källarförråd samt på ett församlingshem utanför Uppsala.
Uppsala stift uppger att man ska fortsätta sitt arbete med att stötta de utsatta.
– Som kyrka innesluter vi dem i vår förbön. I vår förbön finns också den nu före detta prästen och hans familj, säger biskop Ragnar Persenius.
