Attacken skedde bara timmar efter att ett eldupphör skulle ha trätt i kraft. Enligt israeliska myndigheter hade Iran då redan brutit vapenvilan genom att avfyra flera robotar mot Israel.
En källa i Vita huset uppger för CNN att Trump var "ovanligt tydlig och bestämd" under samtalet med Netanyahu på tisdagsmorgonen.
Samtidigt rapporterade den iranska nyhetsbyrån Fars att deras reporter hörde explosioner i norra Iran under tisdagen.
En av dem ska ha inträffat i kuststaden Babolsar, norr om Teheran. Enligt Fars är räddningstjänst och ambulanser på väg mot platsen.
Enligt Israel avfyrades två ballistiska robotar från Iran mot Israel omkring tre timmar efter att eldupphöret trätt i kraft – ett eldupphör som Trump tidigare under dagen själv hade tillkännagett.
Trump kommenterade själv den händelsen, uppenbarligen med hänvisning till amerikanska underrättelseuppgifter.
– Det var en raket som inte landade – som sköts iväg, kanske av misstag, och som inte träffade, sa han.
