Enligt förslaget från regeringen finns det anledning att särskilt "uppmärksamma medlemskapet i EU och den betydelse som detta medlemskap har för Sverige som nation".
Som allmän flaggdag blir EU-valet ett tillfälle att "fira och uppmärksamma demokratin", enligt regeringen.
På onsdagen röstade alla partier utom SD för förslaget. SD:s reservation stöttades dock av en moderat (Hanif Bali) och en kristdemokrat (Robert Halef), som gick emot partilinjen.
I sin reservation skriver SD att flaggdagar primärt bör "vara tillägnade dagar som är av symboliskt viktig nationell betydelse".
"Enligt vår mening är inte dagen för val till Europaparlamentet av en sådan dignitet att den bör vara allmän flaggdag", skriver partiet.
Riksdagsbeslutet innebär att de kungliga flaggdagarna efter nästa tronskifte bara ska omfatta regentens födelsedag och tronföljarens födelsedag från det år då tronföljaren fyller 18 år.
