Myndigheten befarar att husen, som är tänkta att bli 36 respektive 32 våningar höga, kan komma att störa ut Bromma flygplats radarstation.
Norra tornen, som höghusen kallas, kommer innebära "mycket långtgående och oåterkalleliga konsekvenser", skriver Luftfartsverket. Man begär nu att länsstyrelsen stoppar bygglovet och beslutar om inhibition.
– Vi kommer att titta på de skäl som den klagande anför och se om de är tillräckliga, säger Jörgen Warstrand, handläggare på länsstyrelsen till Mitt i.
Han tror att det kommer ta några veckor innan länsstyrelsen fattat sitt beslut.
Den som är intresserad kan anmäla sitt intresse för en trerumslägenhet på våning 16 "Innovationen" som det ena av de två tornen kommer heta. 13 miljoner kronor får man i sådana fall vara beredd att betala.
