Enligt Aftonbladets källor ska pojkarna haft en bomb med utrustning för detonering. Föremålet hittades på platsen och hela området runt Tegelbacken och Centralen spärrades av.
Polisen säger att föremålet inte skulle användas på platsen.
De tre är kända för sina kopplingar till gängkriminaliteten.
– Hur de kopplingarna ser ut kan vi inte gå in på, men det finns nätverkskopplingar, säger Daniel Wikdahl vid Stockholmspolisen, till Aftonbladet.
Enligt uppgifter till DN har polisen uppgett att bomben ”var avsedd att användas vid ett annat tillfälle”.