Utspelet kom med anledning av att ett fartyg med Greta och andra aktivister tidigare under måndagen bordats av israelisk militär.
I ett inspelat videomeddelande anklagade den svenska klimataktivisten Israel för att ha "kidnappat henne".
– Hon är en konstig person. En ung, arg person. Jag vet inte om det är verklig ilska – det är svårt att tro. Men jag såg vad som hände, sade Trump när han fick en fråga om saken.
– Jag tycker hon borde gå i en kurs i ilskehantering. Det är mitt främsta råd till henne.
På frågan om han trodde att Israel verkligen kidnappat Thunberg, som hon själv hävdade, svarade Trump sarkastiskt:
– Jag tror Israel har nog med problem utan att kidnappa Greta Thunberg.
Han fortsatte, medan han skakade på huvudet:
– Är det det hon sa, att hon blev kidnappad av Israel?
I videon som spelades in i samband med gripandet sade Greta:
– Mitt namn är Greta Thunberg och jag kommer från Sverige. Om du ser den här videon har vi blivit bordade och kidnappade på internationellt vatten av israeliska ockupationsstyrkor eller styrkor som stödjer Israel.
Greta uppges nu vara ombord på ett plan på väg från Israel, efter att hon och de andra aktivisterna förevisats en film från Hamas massaker den 7 oktober. Enligt Israel ska de dock inte ha velat se klart på filmen.