Problemen började vid halv fem-tiden på eftermiddagen, svensk tid, och pågick fram till strax efter klockan fyra. Under en kort stund tvingades myndigheterna att stänga luftrummet, med flygkaos som följd för både flygplan på väg till London och flygplan på väg därifrån.
Minst 66 flyg hade vid sjutiden på kvällen fått ställas in till följd av kaoset, och fler inställda flyg är att vänta eftersom man ännu inte fått ordning på problemen. Störningar i flygtrafiken väntas fortsätta in på lördagsdygnet, skriver AP.
Den brittiska regeringen uppges ha reagerat upprört mot att något sådant kunnat hända då det får konsekvenser för flygtrafiken i både Europa och resten av världen. London Heathrow är en av världens största flygplatser sett till antal passagerare.
"En störning av den här storleksordningen är helt enkelt oacceptabelt och jag har begärt en utförlig förklaring från NATS angående kvällens händelse", sade transportminister Patrick McLoughlin i ett uttalande.
Scene at @HeathrowAirport this evening during flight disruption [apologies - earlier picture was not Heathrow today] pic.twitter.com/jfoEMlGA2K
— BBC Breaking News (@BBCBreaking) December 12, 2014